Епископ Емилијан (у свету Недељко Пиперковић) рођен је 23. августа 1886. у Липљану на Косову. Основну школу је завршио у свом родном месту, а нижу гимназију у Приштини и Солуну. Богословију је завршио на острву Халци, где је провео седам година. После завршене богословије постављен је за приправника при Српској митрополији у Скопљу и вероучитеља у гимназији и учитељској школи. Као питомац Светог архијерејског сабора у Краљевини Србији упућен је на Богословски факултет у Атину 1913, где је дипломирао 1918. и докторирао 1919. године.
Након завршених студија постао је секретар митрополита српског Димитрија на Крфу, а после ослобођења Србије је, као члан делегације, преговарао са Цариградском патријаршијом о канонском присаједињењу ослобођених крајева Српској православној цркви и васпостављању Српске патријаршије.
Када се вратио у земљу, постављен је за вероучитеља Београдске реалке, а убрзо затим за професора богословије у Сремским Карловцима. На овом положају затекао га је и избор за епископа тимочког. Недељко Пиперковић је замонашен 1911. у манастиру Св. арх. Михаила у Кучевишту, и ускоро га је митрополит скопски Викентије Крџић рукоположио у чин ђакона. У чин јеромонаха га је рукоположио 29. јуна 1920. митрополит српски Димитрије. За епископа тимочког је хиротонисан 23. јануара 1922. године.
Своје научне радове објављивао је у грчким и нашим црквеним часописима. Умро је у Зајечару 10. септембра 1970. године и сахрањен у зајечарској Саборној цркви.