Црква светог пророка Илије у селу Шипиково код Зајечара првобитно је подигнута 1907. године. Због дотрајалости конструкције од које је објекат храма био изграђен и могућности урушавања, грађевинска инспекција је наложила његово уклањање.

Изградња нове цркве на истој локацији започета је 2000. године када је урађена само темељна конструкција објекта док је наставак градње планиран за 2015. годину.

У јуну 2015. године Друштво за геолошка истраживања и инжењеринг „Геоинжењеринг“ д. о. о. из Ниша израђује геомеханички елаборат у ком констатује да се изграђени темељи налазе на нестабилном тлу и да је промена локације оправдана и нужна, те је предложено дислоцирање објекта према западу. Благословом Његовог Преосвештенства Епископа тимочког господина Илариона овај предлог је усвојен и нова локација храма је померена западно од положаја на ком је градња започета 2000. године.

Темељи нове цркве урађени су у септембру 2015. године а средства су добијена од Управе за сарадњу са црквама и верским заједницама и Градске управе Зајечар.

Градња је настављена од октобра 2019. средствима из буџета Градске управе Зајечар.