Герасим Стојковић је рођен 1811. године у Великом Араду, тада у Мађарској. Основну школу и гимназију учио је у месту рођења, философију и права у Пешти а богословију у Сремским Карловцима. После свршених школа прешао је, у пролеће 1839. године, у Србију где је постављен за професора богословије.
Укоро, после преласка у Србију, примио је монашки чин у манастиру Враћевшници. Као професор прошао је кроз све степене монашког чина. У чин Архимандрита произведен у манастиру Манасији 9. маја 1853. године. За Епископа тимочког изабран је и хиротонисан 10. октобра 1854. године.
Као Епископ управљао је тимочком Епархијом са седиштем у Неготину све до своје смрти 11. јула 1865. године. Сахрањен је у старој неготинској цркви.
Вероватно су повученост, доброћудност и благост Епископа Герасима главни разлози што није имао већег утицаја на подизање цркава у Епархији. За времена Владике Герасима почело је богословски образовано свештенство смењивати старо нешколовано и на тај начин ствара се у њима сигуран ослонац за интензивнији рад на подизању богомоља онима који су после њега дошли.